Un important maillage historique de voies ferrées constitue un atout majeur dans le traitement des flux de marchandises des sociétés implantées dans l’espace portuaire.
Les ports de Strasbourgs gèrent plus de 100 km de voies ferrées, essentiellement à Strasbourg, dont une partie électrifiée, qui permettent de traiter en moyenne 1,2 million de tonnes de produits divers, chaque année. Le terminal conteneur nord, représente à lui seul, plus de la moitié des volumes ferroviaires chaque année.
Le port accueille ainsi la 1ère gare fret d’Alsace avec un triage d’une quinzaine de voies ferrées, situé à proximité de la rue du bassin de l’industrie, elle reçoit les trains européens, notamment conteneur, en provenance journalière de Rotterdam ou Anvers. La gare aux marchandises constitue le cœur névralgique du système ferroviaire des Port de Strasbourg. L’itinéraire de jonction entre ce triage et le terminal conteneur nord ceinture le quartier Coop par le sud. Cela permet d’éviter un grand nombre d’émission de CO2 dans le transport des marchandises. Le mode de transport par train, est ainsi complémentaire de la voie fluviale, via le Rhin, et des liaisons opérées par la route ; c’est le principe de la multimodalité, qui représente un des piliers essentiels dans le fonctionnement du territoire portuaire.